Kapitánská zkouška probíhá zpravidla v týdnu po skončení kurzu, obvykle v úterý nebo ve čtvrtek a koná se pod dozorem Ministerstva dopravy. Zkušební komisaři jsou jmenovaní Ministerstvem dopravy.

Zkouška se skládá z písemné a ústní části a celá trvá 3-4 hodiny. Nejprve probíhá písemná část a po jejím skončení začíná část ústní. Během ústní zkoušky se zkoušený přesouvá mezi jednotlivými zkušebními komisaři a postupně je vyzkoušený ze všech zkušebních témat. Každý zkušební komisař zkouší 1-2 témata. 

Na písemnou část je nutné si přinést navigační trojúhelníky, tužku, gumu a kružítko nebo odpichovátko.

V ústní části zkoušky se komisaři řídí doporučením MD pro výcvik jachtařů.

·       Navigace – na stupeň C je nutné znát všechny symboly nacházející se na mapě, použití navigačních trojúhelníků pro vynášení kurzů a použití odpichovátka pro vynášenní vzdálenosti, určení polohy ze dvou současných náměrů na dva body i ze dvou nesoučasných náměrů na jeden bod, plavební znaky IALA a kardinální znaky, projekce map – merkatorova projekce, gnómonická projekce. Na stupeň B navíc vše, co souvisí s plavbou v přílivových proudech a v přílivech.
·       Meteorologie - tlaková výše, tlaková níže, směry větrů v těchto tlakových útvarech, vítr – staniční praporky, teplá, studená a okluzní fronta, oblačnost a vítr v těchto frontách, čtení synoptické mapy, druhy mraků, rosný bod. Na stupeň B navíc podrobnější vyhodnocení synoptické mapy pro nonstop plavbu na následujících 5 dní a důkladnější znalost meteorologických procesů.
·       Plavební o zabránění srážkám na moři – COLREG 72 – přednosti plavidel, světla plavidel a denní znaky, zvukové signály za plavby i na kotvě, pravidla pro úzké plavební dráhy i systémy rozdělené plavby, vybrané části námořního práva, signály nouze. Na stupeň B je nutné znát Colreg opravdu velmi dobře.
·       Plavební nauka plachetnic a motorových lodí – podélná a příčná stabilita lodi, kotvení a druhy kotev, reakce lodního šroubu propwalk, propwash,  návětrnost a závětrnost lodi, princip obtékání plachet a proč plachetnice může plout ostře proti větru,  MOB při plavbě pod plachtami, bezpečnostní a záchranné vybavení lodi. Pro stupeň B je nutné dobře zvládnout manévrování s lodí a přípravu lodi pro delší plavbu v náročnějších podmínkách a kotvení lodi v přílivové oblasti.
·       Angličtina - pouze základní názvosloví lodi a výrazy používané v radiotelefonním provozu
·       Zdravověda – tonutí, podchlazení, resuscitace, zlomeniny a pohmožděniny, úpal a úžeh.

Na zkoušku je nutné vytisknout, vyplnit a přinést následující dokumenty
·       Přihlášku ke zkoušce
·       Protokol teoretické zkoušky
·       rýsovací pomůcky pro navigační příklad a psací pomůcky

Pokud máte již hotovou praktickou zkoušku na moři a chcete rovnou podat žádost o vydání kapitánského průkazu, tak také následující:
                a) potvrzený Protokol praktické zkoušky, pouze pro stupeň C (obdržíte na praktickém kurzu)
                b) kopii Jachtařské knížky s potvrzenou praxí, pouze pro stupeň B
·       zaplacený správní poplatek 500 Kč ve formě kolku
·       1x barevnou fotografii o rozměrech 3,5 cm x 4,5 cm
·       osvědčení o zdravotní způsobilosti vydané lékařem jmenovaným MDČR, ne starší 3 měsíce. Doporučujeme MUDr. Davida Macharáčka

·       žádost o vydání průkazu

Zkoušejícími jsou komisaři jmenovaní Ministerstvem dopravy ČR, zkušení jachtaři

Předseda komise: Ing. Jiří Zindulka

Další zkoušející: MUDr. Vojtěch Vajdík, Lenka Čížková, Karel Körber a další

Ze zákona je lhůta na vystavení průkazu 30 dní. Úředníci na MD jsou velmi rychlí, průkaz vystaví většinou do 14 dnů po odevzdání na MD a pošlou poštou přímo na uvedenou adresu.